Cette histoire remonte au temps où les hommes virent le jour sur cette Terre... Régi par les dieux, le monde était paisible. Mais cette ère de paix fut brutalement troublée. Le roi démon, incarnation des ténèbres, attaqua. Et le monde fut dévasté. Avide de pouvoir, le roi démon défia les dieux... La guerre entre le roi démon et les dieux perdura. Au terme d'une lutte immémoriale, le roi démon fut enfin vaincu. Mais il en coûta aux dieux de leur toute-puissance... Avec leurs forces restantes, ils enfouirent le démon au coeur des ténèbres. Puis ils bâtirent une tour afin de le retenir prisonnier. Enfin, ils posèrent autour de la tour des sceuax recouvrant la Terre... Vidés de leurs forces et leur mission accomplie, les dieux regagnèrent les cieux. Et c'est à nous que ces terres ont été confiées... Mais à présent, les sceaux disparaissent et les ténèbres menacent à nouveau cette Terre...
Le temps est enfin venu pour Link de se rendre au château pour y obtenir son diplôme de conducteur. Au cours de la cérémonie, la princesse Zelda lui remet une lettre lui demandant de venir la voir en cachette. Link la retrouve dans ses appartements où elle lui apprend que les voies sacrées qui parcourent le pays sont en train de disparaître ! Elle lui demande alors de l'accompagner à la tour des dieux afin d'en découvrir la cause.
Après s'être faufilés hors du château, nos deux héros se mettent en route pour la tour. Mais en chemin, ils sont attaqués par l'ignoble ministre Kimado, qui expulse l'esprit de Zelda et s'empare de son corps ! Link et Zelda se rendent à la tour, où ils font la connaissance de Bicelle. Celle-ci leur apprend que si les voies sacrées disparaissent, l'âme du roi démon sera libérée. Pire, Kimado et son acolyte comptent utiliser le corps de Zelda comme réceptacle ! Cette histoire raconte les aventures de Link et Zelda dans leur quête pour retrouver le corps de la princesse et empêcher le pays tout entier de sombrer dans les ténèbres...